無菌室應(yīng)根據(jù)既經(jīng)濟又科學(xué)的原則來設(shè)置。其基本要求有以下幾點：
1、無菌室應(yīng)有內(nèi)、外兩間，內(nèi)間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。內(nèi)間面積2×2.5＝5m2，外間面積1×2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應(yīng)有天花板。
2、內(nèi)間應(yīng)當設(shè)拉門，以減少空氣的波動，門應(yīng)設(shè)在離工作臺最遠的位置上；外間的門最好也用拉門，要設(shè)在距內(nèi)間最遠的位置上。
3、在分隔內(nèi)間與外間的墻壁或“隔扇”上，應(yīng)開一個小窗，作接種過程中必要的內(nèi)外傳遞物品的通道，以減少人員進出內(nèi)間的次數(shù)，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內(nèi)外都掛對拉的窗扇。
4、無菌室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內(nèi)溫度很高，故應(yīng)設(shè)置通氣窗。通氣窗應(yīng)設(shè)在內(nèi)室進門處的頂棚上（即離工作臺最遠的位置），最好為雙層結(jié)構(gòu)，外層為百葉窗，內(nèi)層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內(nèi)室使用后、滅菌前開啟，以流通空氣。有條件可安裝恒溫恒濕機。
5、無菌室內(nèi)的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應(yīng)該處于水平狀態(tài)。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面1米。
6、無菌實驗室屋頂和天花板應(yīng)選用不吸水、表面光潔、無毒、防霉、耐腐蝕、易清潔的淺色材料覆涂。
7、無菌實驗室地面應(yīng)使用無毒、防滑、不滲水、不吸水、無裂隙且易于清洗消毒的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應(yīng)有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。
8、須將通向外界的管路、門窗和通風道四周的空隙完全填充，所有窗戶、通風口和風機開口均應(yīng)裝上防護網(wǎng)。
9、為保證無菌室的潔凈，無菌室周圍需設(shè)緩沖走廊，走廊旁再設(shè)緩沖間，其面積可小于無菌室。
10、無菌室與緩沖間進出口應(yīng)設(shè)拉門，門與窗平齊，門縫要封緊，兩門應(yīng)錯開，以免空氣對流造成污染。
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